① 2013版工程施工合同示範文本中的合同協議書和專用條款，是否可以刪改
任何合同的示範文本都是可以根據自己的需要進行刪減的，示範文本是針對某一領域的合同做的示範性的參考
② 請問現在實行的2013版《建設工程施工合同（示範文本）》中的通用條款具有法律效應嗎施工方或者建設
簡單的說，不是必然無效，但是通常會被認定為無效。具體分析如下：
通用條款是根據法律法規的規定製定的，無論如何修改通用條款內容，只要合同約定違反法律法規的效力性強制規定，該條款就無效。
一般，通用條款不允許修改，但是實踐中還是經常對其進行修改，但是修改要在補充條款中進行（也有在專用條款中進行，但是不怎麼規范）。題主說的情況，如果是在通用條款部分直接修改，發生爭議建設單位一般不會認可，法院也很難支持，因為第一違反了相關規定，第二違反了工程行業的慣例（在補充條款中修改通用條款）。此外，通常合同會約定補充條款效力高於專用條款，專用條款高於通用條款，如果施工方修改的內容補充或專用條款有約定，那麼優先適用補充或專用條款的約定，實際效果和無效也沒啥區別。
③ 建設工程施工合同文本的解釋
這段話來自《建設工程施工合同（示範文本）》（GF-1999-0201）的17.3，建設部關於這個示範文本的文件號是建建[1999]313號，你可以查一下。在2013版本中這段話已經沒有了，其相應的要求在5.3節。