1. 總包合同有預付款,但是扣除專業暫估價,分包合同簽訂後,要補這個預付款嗎
憑你說的情況還不好判斷，有些條款沒提供。
扣除並不代表沒包含2項，只是因為這2項存在變數，對預付款的付款基數有影響。
從你提供的模糊情況看，甲方應該不需要再單獨支付你關於這部分專業工程的預付款，而因由總包單位根據分包合同進行支付。
希望你提供更清楚的情況，才好判斷。
2. 暫估價部分是否可以由建設單位直接與專業分包單位簽訂合同
可以，但是在你做結算的時候，建設單位就要以實際的金額來付款了。
3. 工程量清單中暫估價和工程分包問題
工程量清單中暫估價和工程分包一般來說，對一些裝飾材料，數量較大，且因檔次的不同，價格也不一樣，這部材料一般做成暫估價，還有一些安裝工程中的設備，因暫時無法確定價格，也列為暫估價。
至於哪些要分包，一般是指需要專業資質承包人完成的項目。
工程量清單是招標文件一部分不錯，但是工程量清單編制在前，招標文件在後，招標文件會根據你的清單要求來統一要求投標人的。
至於哪些列暫估材料價，這得根據具體編制情況來定，材料價格檔次不明確的，設計要求不明確的，不確定價格的新材料，為了避免投標人取巧惡意下浮，都可以暫估材料價。待結算時再據實結算。
4. 關於建築工程中專業工程暫估價和暫列金額的問題
根據你提供的信息，本人只能初步推斷：
專業遷改工程最高限價為520000元，其中暫列金額為400000元，包含了工程量清單上列出了分部分項工程量，暫列金額不是工程項目，而是專業遷改工程的暫時初定的金額，所以你應嚴格按照工程量清單進行報價，只列暫列金額400000元。
5. 編制工程量清單時候有一個 專業工程暫估價和材料暫估價，想問問什麼情況下才編制進來而不列入分部分項
如果沒有招標文件那麼就把你們沒有經過市場詢價的或者甲方指定的材料價錢做成材料暫估價，但是一般不建議。如果是投標，還是應該看招標文件的，專業工程暫估他都會在招標文件中提出。
6. 專業分包項目中不能包含暫估價在哪個文件中規定的
關於進一步規范北京市房屋建築和市政基礎設施工程施工發包承包活動的通知
文號為：京建發〔2011〕130號
十一、建設工程設計中已經明確要求，且本市有關行政主管部門已經發布市場價格信息的建築材料、建築構配件和設備，或者已經進行認價或限價的建築材料、建築構配件和設備，招標人不得在招標文件或合同中將其列
為暫估價。
根據這條規定可以得知專業分包項目中不能包含暫估價。
7. 工程招投標中專業工程暫估價的發包問題
既然放在專業工程暫估價中計入了工程總造價，那就應該由招標人與總承包人聯合發包，同時總包單位作為招標人，業主對專業分包的招標文件、招標控制價等進行把關，起到了監督和控制的作用，總承包人與專業工程實施單位簽訂合同。