① 2013版工程施工合同示范文本中的合同协议书和专用条款，是否可以删改
任何合同的示范文本都是可以根据自己的需要进行删减的，示范文本是针对某一领域的合同做的示范性的参考
② 请问现在实行的2013版《建设工程施工合同（示范文本）》中的通用条款具有法律效应吗施工方或者建设
简单的说，不是必然无效，但是通常会被认定为无效。具体分析如下：
通用条款是根据法律法规的规定制定的，无论如何修改通用条款内容，只要合同约定违反法律法规的效力性强制规定，该条款就无效。
一般，通用条款不允许修改，但是实践中还是经常对其进行修改，但是修改要在补充条款中进行（也有在专用条款中进行，但是不怎么规范）。题主说的情况，如果是在通用条款部分直接修改，发生争议建设单位一般不会认可，法院也很难支持，因为第一违反了相关规定，第二违反了工程行业的惯例（在补充条款中修改通用条款）。此外，通常合同会约定补充条款效力高于专用条款，专用条款高于通用条款，如果施工方修改的内容补充或专用条款有约定，那么优先适用补充或专用条款的约定，实际效果和无效也没啥区别。
③ 建设工程施工合同文本的解释
这段话来自《建设工程施工合同（示范文本）》（GF-1999-0201）的17.3，建设部关于这个示范文本的文件号是建建[1999]313号，你可以查一下。在2013版本中这段话已经没有了，其相应的要求在5.3节。