1. 总包合同有预付款,但是扣除专业暂估价,分包合同签订后,要补这个预付款吗
凭你说的情况还不好判断，有些条款没提供。
扣除并不代表没包含2项，只是因为这2项存在变数，对预付款的付款基数有影响。
从你提供的模糊情况看，甲方应该不需要再单独支付你关于这部分专业工程的预付款，而因由总包单位根据分包合同进行支付。
希望你提供更清楚的情况，才好判断。
2. 暂估价部分是否可以由建设单位直接与专业分包单位签订合同
可以，但是在你做结算的时候，建设单位就要以实际的金额来付款了。
3. 工程量清单中暂估价和工程分包问题
工程量清单中暂估价和工程分包一般来说，对一些装饰材料，数量较大，且因档次的不同，价格也不一样，这部材料一般做成暂估价，还有一些安装工程中的设备，因暂时无法确定价格，也列为暂估价。
至于哪些要分包，一般是指需要专业资质承包人完成的项目。
工程量清单是招标文件一部分不错，但是工程量清单编制在前，招标文件在后，招标文件会根据你的清单要求来统一要求投标人的。
至于哪些列暂估材料价，这得根据具体编制情况来定，材料价格档次不明确的，设计要求不明确的，不确定价格的新材料，为了避免投标人取巧恶意下浮，都可以暂估材料价。待结算时再据实结算。
4. 关于建筑工程中专业工程暂估价和暂列金额的问题
根据你提供的信息，本人只能初步推断：
专业迁改工程最高限价为520000元，其中暂列金额为400000元，包含了工程量清单上列出了分部分项工程量，暂列金额不是工程项目，而是专业迁改工程的暂时初定的金额，所以你应严格按照工程量清单进行报价，只列暂列金额400000元。
5. 编制工程量清单时候有一个 专业工程暂估价和材料暂估价，想问问什么情况下才编制进来而不列入分部分项
如果没有招标文件那么就把你们没有经过市场询价的或者甲方指定的材料价钱做成材料暂估价，但是一般不建议。如果是投标，还是应该看招标文件的，专业工程暂估他都会在招标文件中提出。
6. 专业分包项目中不能包含暂估价在哪个文件中规定的
关于进一步规范北京市房屋建筑和市政基础设施工程施工发包承包活动的通知
文号为：京建发〔2011〕130号
十一、建设工程设计中已经明确要求，且本市有关行政主管部门已经发布市场价格信息的建筑材料、建筑构配件和设备，或者已经进行认价或限价的建筑材料、建筑构配件和设备，招标人不得在招标文件或合同中将其列
为暂估价。
根据这条规定可以得知专业分包项目中不能包含暂估价。
7. 工程招投标中专业工程暂估价的发包问题
既然放在专业工程暂估价中计入了工程总造价，那就应该由招标人与总承包人联合发包，同时总包单位作为招标人，业主对专业分包的招标文件、招标控制价等进行把关，起到了监督和控制的作用，总承包人与专业工程实施单位签订合同。