1. 市政工程如何取费，取费标准是什么
这个要看是什么类型的市政工程，是勘察，还是设计。国家有勘察设计收费标准，这点全国的收费标准是统一的，当然根据具体的工程复杂难易程度会有一个复杂性系数，现实中勘察设计收费基本都是在标准的基础上打7折，很多都到了打5折的了，例如一些规划设计（空洞、空虚的）。如果是行政性收费，地方政府也都有统一的地方收费标准，这点全国可能不统一，因地区发展的差异存在。
2. 市政工程预算怎么收费
按总造价收费,在千分之三到五左右。
市政工程(municipal engineering)是指市政设施建设工程。在我国，市政设施是指在城市区、镇（乡）规划建设范围内设置、基于政府责任和义务为居民提供有偿或无偿公共产品和服务的各种建筑物、构筑物、设备等。城市生活配套的各种公共基础设施建设都属于市政工程范畴，比如常见的城市道路，桥梁，地铁，比如与生活紧密相关的各种管线：雨水，污水，上水，中水，电力（红线以外部分），电信，热力，燃气等，还有广场，城市绿化等的建设，都属于市政工程范畴。
3. 关于市政工程取费的问题
本人也是做市政结算的,像你说的这个情况不曾遇到，理论上来说商务标投标文件应该将取费与招标文件上是一致的，但你说的情况，显然是不同的,不知道是怎么发生的，但我感觉应该审计是正确的，他们没有权利修改你的投标文件，但合同条款(即招标文件规定的)很详细的话，他们也只能照章执行，像我刚完成的一个市政审计一样，由于时间长，政府费率已经调整了，但结算他们仍只可以按照招标文件里规定的给予审计。
4. 建筑工程和市政工程取费.
按顺序，建筑工程，装修装饰工程、安装工程
5. 市政工程设计收费标准
你指的是市政设施设计，还是园林设计图设计，含带植物和小品建设等的？吉林是0.70元一平米，这里的平米是指现场的面积哟！
6. 市政工程取费费率问题
不了解情况，从您所提问题分析，既然是审计，就应该是工程结算文件，或者是现场签证文件了。
作为工程造价审计，个人觉得这部分工程是算在原来所承包工程的范围内，还是另行计算的。如果是前者，应按总承包取费；如系后者，则可以按专业承包取费，当然也可按总承包取费，这就看审计的态度了。
如果没有讲清楚算在那个范围内，那两个审计单位说法哪个都是成立的。不过，个人倾向于按照承包取费，按专业承包有些牵强了，因为施工单位是有总承包资质，而且也做着与此有关的总承包工程。
补充回复：
个人理解，施工单位具备总承包资质，如当时没有明确说法，应该按总承包取费，但不应计取总承包服务费。